안내

본 콘텐츠는 아직 완료되지 않았으며, 본 개방시 제공될 예정입니다.

6. 연구포털 기본 사용

연구포털 메인 이해

연구 포털은 제공 승인된 데이터를 활용하여 실제 연구를 수행하는 공간입니다.

연구 포털에서는 제공 승인된 데이터 조회, 대상자 탐색, 분석 수행, 결과 관리 기능을 사용할 수 있습니다.

주요 기능

• 제공 승인 데이터 확인
• 대상자 탐색
• 분석 수행
• 연구환경 접속
• 결과 관리
• 반출 신청

연구 포털 이용 절차

연구는 일반적으로 다음 순서로 진행됩니다.

연구 프로젝트 선택
    ↓
제공 승인 데이터 확인
    ↓
대상자 탐색
    ↓
분석 수행
    ↓
결과 저장
    ↓
반출 신청

My Page 확인하기

My Page는 연구 현황과 제공 승인 데이터를 확인하는 대시보드입니다.

Project Information

현재 접속한 연구과제 정보를 확인합니다.

확인 항목

• Project ID
• 연구과제명
• 연구기간
• 사용자 역할

Dataset Shared Notification

데이터 제공 및 공유 관련 공지사항을 확인합니다.

확인 항목

• 데이터 제공일
• 공지사항
• 변경사항 안내

Approved Set Summary

제공 승인된 데이터 규모를 확인합니다.

확인 항목

• 대상자 수
• 임상 변수 수
• 유전체 파일 수

Approved Set Phenotype Attributes

제공 승인된 임상 데이터 목록을 확인합니다.

확인 항목

• 임상 변수 목록
• 표현형 정보
• 사용 가능 변수

Request for File Export

반출 신청 상태를 확인합니다.

확인 항목

• 반출 신청 내역
• 처리 상태
• 승인 여부

원본 데이터는 반출할 수 없으며 승인된 결과만 반출 가능합니다.

Research Infra Status

사용 가능한 연구환경 정보를 확인합니다.

확인 항목

• 연구환경 종류
• 사용 기간
• 접속 프로그램

MYDATA 사용하기

MYDATA는 제공 승인된 데이터셋을 탐색하고 연구 대상자를 선정하는 기능입니다. 임상 정보(Pheno Data)와 유전체 정보(Genomic Data)를 조합하여 원하는 조건의 대상자를 검색합니다.

MYDATA 접속

MYDATA 메뉴에서 MYDATA에 접속합니다.

접속 절차

MYDATA
    ↓
프로젝트 선택
    ↓
데이터셋 선택
    ↓
MYDATA 실행

진행 방법

1. 프로젝트 선택: 승인된 프로젝트를 선택합니다.
2. 데이터셋 선택: 분석할 데이터셋을 선택합니다.
3. MYDATA 실행: 선택한 데이터셋을 기반으로 대상자 탐색을 시작합니다.

유전체 브라우저 사용

유전체 브라우저에서는 유전자 또는 변이 위치를 시각적으로 확인할 수 있습니다. 특정 유전자나 변이가 어느 위치에 존재하는지 확인하고, 주변 유전체 정보를 함께 검토할 수 있습니다.

웹 분석 도구 사용

ANALYSIS TOOLS에서는 분석 목적에 맞는 웹 분석 도구를 선택합니다. Exomiser, Galaxy 등 웹 기반의 분석 도구를 활용할 수 있습니다.

Exomiser

Exomiser는 희귀질환 및 유전질환 연구를 위한 후보 변이 우선순위 분석 도구입니다.

환자의 표현형(HPO) 정보와 유전체 변이 정보를 함께 분석하여 질환과 관련 가능성이 높은 유전자와 변이를 우선적으로 제시합니다.

연구자는 Exomiser 결과를 통해 수많은 변이 중 우선적으로 검토해야 할 후보를 효율적으로 선별할 수 있습니다.

다만 Exomiser가 제시하는 결과는 최종 진단 결과가 아니라 추가 검토와 해석이 필요한 후보 목록이므로, 임상 정보와 다른 분석 결과를 함께 고려하여 해석해야 합니다.

Galaxy

Galaxy는 명령어 사용이 익숙하지 않은 연구자도 웹 화면에서 워크플로우를 실행할 수 있도록 돕는 분석 도구입니다.

코딩 경험이 많지 않은 연구자도 그래픽 인터페이스를 통해 품질 평가, 서열 맵핑, 변이 탐색 등 정해진 분석 절차를 수행할 수 있습니다.

입력 파일, 선택한 도구, 파라미터, 결과 파일이 분석 이력으로 남기 때문에 재현성 관리에도 유용합니다.

RESEARCH INFRA

[RESEARCH INFRA] 메뉴에 접근하면 제공받은 컴퓨팅 자원을 확인할 수 있습니다.

해당 자원에서 Jupyter 등을 통해 데이터를 불러오고 분석 코드를 작성할 수 있습니다.

작업 파일은 연구과제별 위치에 저장하세요.

결과 저장

결과 파일은 나중에 반출 신청이나 연구 성과 등록에 사용될 수 있으므로 처음부터 규칙적으로 정리하는 것이 좋습니다.

파일명에는 분석일자, 코호트명, 분석 종류, 버전 정보를 포함하면 추적이 쉬워집니다.