6.5 연구환경 구성

연구환경은 연구자가 데이터를 효율적으로 관리하고 분석을 수행할 수 있도록 표준화된 디렉토리 구조를 제공합니다. 연구자는 프로젝트별 작업 공간 내에서 데이터 저장, 분석 수행, 결과 관리를 체계적으로 수행할 수 있습니다.

연구환경 내 디렉토리는 데이터의 유형과 용도에 따라 구분되어 있습니다. 연구자는 각 디렉토리의 목적에 맞게 파일을 저장하고 관리합니다.

6.5.1 디렉토리 구조

연구환경은 프로젝트 단위의 작업 공간을 기반으로 구성됩니다. 일반적으로 원본 데이터, 분석 데이터, 결과 파일, 연구자 작업 파일을 구분하여 관리하며, 고유한 목적을 갖는 디렉토리를 통해 데이터의 용도에 따라 적절한 위치에 저장할 수 있습니다. 디렉토리는 다음과 같은 구조로 구성됩니다.

그림 6-10. 디렉토리 구조

각 디렉토리는 고유한 용도를 가지므로, 파일의 성격에 맞는 위치에 저장하여 관리하는 것을 권장합니다. 디렉토리별 권장 저장 대상은 다음과 같습니다.

디렉토리	권장 저장 대상
Data	제공된 원본 데이터입니다. 원칙적으로 수정하지 않고 보존합니다.
Analysis	분석 과정에서 생성되는 중간 산출물 및 작업 파일입니다.
Result	최종 분석 결과 및 보고용 산출물입니다.
Reference	참조 유전체 등 분석에 활용하는 참조 자료입니다.
Temp	재생성이 가능한 임시 파일입니다. 주기적으로 정리합니다.

미리 알고가기

• 데이터의 용도에 맞는 디렉토리에 파일을 저장하면 분석 과정의 추적과 결과 관리가 쉬워지며, 이후 데이터 반출 신청 시에도 대상 파일을 명확하게 구분할 수 있습니다.

6.5.2 데이터 위치

연구환경에서 제공되는 데이터는 데이터의 유형과 권한에 따라 지정된 저장 위치에서 관리됩니다. 연구자는 권한이 부여된 데이터에 한하여 접근할 수 있으며, 데이터 위치는 프로젝트 설정과 연구 유형에 따라 달라질 수 있습니다. 데이터는 다음과 같은 형태로 제공됩니다.

데이터 형식	설명
BAM	FASTQ를 참조 유전체에 정렬한 결과를 압축하여 저장한 파일입니다.
CRAM	BAM과 동일한 정렬 정보를 더 효율적으로 압축하여 저장한 파일입니다.
VCF	유전체 변이(Variant) 정보를 정리하여 저장한 파일입니다.
임상 데이터 파일	검진, 진단 등 임상 정보를 담은 데이터 파일입니다.
표현형 데이터 파일	연구대상자의 표현형(Phenotype) 정보를 담은 데이터 파일입니다.